生物性污染是指微生物、寄生虫和昆虫等生物对食品的污染，在食品加工、贮存、运输、销售直到食用的多个过程中，每一个环节都可能受到生物污染，危害人体健康。因此，生物性污染物是影响食品安全性的重要因素。
食品的微生物污染包括致病性微生物和非致病性微生物对食品的污染。致病性微生物包括致病性细菌、人畜共患传染病致病菌、产毒霉菌、病毒等，非致病性微生物主要包括非致病菌、不产毒的霉菌与常见酵母。常见的食品微生物污染主要为细菌与细菌毒素以及霉菌与霉菌毒素对食品的污染。

一、食品的细菌污染与食品的腐败变质

（一）食品的细菌污染
一般天然食品内部没有或很少有细菌，食品中的细菌主要来自生产、加工、运输、贮存、销售等各个环节的外界污染。污染食品的细菌包括引起食物中毒、人畜共患传染病以及其他以食品为传播媒介的致病菌和作为食品污染指标的非致病菌。非致病菌一般不引起疾病，但它们与食品的腐败变质密切相关，因此它是评价食品卫生质量的重要指标。目前常用的反映食品卫生质量的细菌污染指标有细菌总数、大肠菌群和致病菌。细菌总数是指每克固体或每毫升液体或每平方厘米面积上所含细菌数量，表示食品被污染的程度，即清洁状态。大肠菌群是食品卫生质量鉴定的重要指标。大肠菌群一般都是直接或间接来自人与温血动物的粪便，因此食品中检出大肠菌群表示食品曾受到人与温血动物的粪便污染。大肠菌群与肠道致病菌的来源相同，在外界环境条件下的生存时间也基本一致，故大肠菌群可作为肠道致病菌的指示菌。致病菌是严重危害人体健康的一种指示菌，我国国家卫生标准中明确规定各种食品不得检出致病菌。
（二）食品的腐败变质
食品腐败变质在日常生活中司空见惯，尤其是在炎热的夏季，更易发生种种食品腐败变质的现象。那么什么是食品的腐败变质呢?
食品的腐败变质是指在微生物为主的各种公共营养师培训班因素作用下，食品降低或丧失食用价值的一切变化，如肉鱼蛋的腐败、粮食的霉变、蔬菜和水果的腐烂以及油脂的酸败等。这些腐败变质食品的感官性状恶劣化，使人难以接受，如产生刺激性气味、臭味、异常色泽等。此外，食品中营养素发生分解破坏，从而使食品的营养价值降低或丧失。严格地说，腐败是指在微生物作用下以蛋白质分解为主的变化，即蛋白质分解变成有臭味的腐败胺的过程；而变质则更多的是因理化因素营养师引起的变化，如油脂的酸败，二者是有所区别的。实际上，由于绝大多数食物一般都含有蛋白质、脂肪和碳水化合物等多种成分，而非单一成分组成，要严格划分腐败与变质较为困难，而且也不太可能。
食品的腐败变质与食物中毒是不同的。有毒性成分的食物不一定有感官方面的变化，而腐败变质食物的最大特点是异常的感官性状。当然，腐败变质的食物，微生物污染也相当严重，增加致病菌和产毒菌存在的机会，会引起人体不良反应或食物中毒。某些鱼类腐败产生组胺中毒，脂肪酸败的产物可引起人的不良反应与中毒，腐败为亚硝胺的形成提供了充分的胺类，这些都是极为严重的问题。值得庆幸的是，这些问题是完全可以避免的，因为腐败变质的食物一般都有恶劣的感官性状变化，因此人们容易识别出，从而避免摄入。在日常生活中，只要做到不吃腐烂变质的食物就可避免上述问题的发生。
食品腐败变质是食品本身、环境因素和微生物综合作用的结果，其中起主要作用的因素是微生物，包括细菌、酵母和霉菌。一般情况下，肉鱼禽类食品的腐败多由细菌引起，蔬菜和水果的腐烂多由霉菌和酵母引起，粮食的霉变多为霉菌引起。
食品的营养构成、水分多少、pH值高低和渗透压大小(糖分和盐分含量的高低)对食品中微生物增殖速度及菌相组成有重要影响，从而决定食品的耐藏与易腐败变质的进程和特征。例如，富含蛋白质的食物，如肉、鱼、禽、蛋和大豆及其制品等，常以各种腐败菌为优势菌种，并以蛋白质分解产胺为特征：富含脂肪的油脂类食品，一般不适宜于微生物繁殖，因此主要以理化因素引起的酸败为特征：含碳水化合物较多的食物，如粮食、蔬菜、水果、糖类及其制品，它们在贮存及加工过程中，在各种酶及其他因素的作用下，发生酵解或发酵，产生低分子量产物。总之，食物中营养素越多，微生物越易繁殖，如牛奶比水易于变质，熟透的瓜果比生的容易腐烂。
食品pH值高低是制约微生物并影响腐败变质的重要因素之一。在一般食品中细菌最适pH值下限为4.5;若含霉菌和酵母，因其耐酸，最适pH下限为2.0。因此，酸性食品(pH<4.0)如乳酸奶、酸菜等常可抑制多种微生物的生长，故较非酸性食品耐贮存。
食品渗透压的大小也是制约食品腐败变质的因素之一，而渗透压的高低取决于食品中所含可溶性物质如糖分和盐分的高低。一般来说，高渗透压的食品(如果酱、盐腌食品)的保藏期较长。
食品中水分含量亦可影响食品中微生物的生长和繁殖。一般低水分含量的干燥食品(如奶粉、面粉、干菜等)不易变质，而相应的鲜奶、湿面粉、鲜菜就易于变坏。
食品中水分按其形式和特征分为自由水和结合水。自由水，也称游离水或可利用水，在食品中单独存在，没有与蛋白质、淀粉等分子中的活性基团结合，性质同于普通水。0℃可以结冰，在干燥条件可以散发，在潮湿条件下可吸水，经常随所处环境条件而变化，能溶解可溶性物质(如糖、盐、有机酸、低级醇等)，可供微生物利用。结合水在食品中以氢键和食品中蛋白质分子中的活性基(如羟基-OH、氨基-NH和羧基-COOH)以及碳水化合物分子中的活性基(羟基-OH)上海营养师培训结合，而不能自由移动。它和一般水不同，在0℃甚至零下20℃也不结冰，不能溶解可溶性物质，但结合水对食品风味起重要作用，当强行将其分离时，食品风味会发生明显的变化。
环境因素是指可促进微生物生长繁殖和变质的理化条件，包括环境温度、湿度、氧气和紫外线等。一般来说，随着环境温度的升高，食品中自身酶作用加强，其成分分解反应加快，而且绝大部分腐败菌为嗜中温菌，适宜的生长温度范围为20℃-40℃，最适的生长温度为25℃-28℃